董卓率领陇西铁骑与文武百官到雒阳北郊的北邙山接迎少帝。董卓接驾后询问祸乱经过，见刘辩惊恐不已，而刘协对答如流，董卓自认与收养刘协的董太后同族，遂有废立之意。

回到京城后，何进以及其弟何苗的部下都被董卓收编，董卓又命吕布杀死京城护卫执金吾丁原。

此时董卓的军队完全控制住局势，遂逼迫少帝策免司空刘弘，自己取而代之。九月初一日，董卓宣布废除汉少帝刘辩，扶陈留王刘协登基，时年九岁，是为献帝。

尔后弹劾何太后害死董太后的罪责，将其迁入永安宫，两日后何太后被毒杀身亡。

刘协登基后，董卓自封为丞相，又加封为太师，完全掌控了中央政权。董卓放纵部下在雒阳城烧杀掠夺，无恶不作。

初平元年(公元190年)春天，各地的州郡牧守以讨伐董卓的名义纷纷起兵。起兵的州郡都在关东，史称“关东联军”。

关东军共推渤海太守袁绍为盟主，从北、东、西三面包围雒阳，董卓挟持刘协迁都长安。

初平二年（公元191年），关东诸侯争夺领导权，以袁绍、韩馥为首倡议立幽州牧刘虞为帝，遭到袁术、曹操的反对。

刘虞的儿子刘和在朝廷担任侍中，刘协便想凭借关东军的力量摆脱董卓还都雒阳，但这时关东军各诸侯忙于互相兼并扩张地盘，无意西讨董卓。

初平三年(公元192年)，司徒王允拉拢中郎将吕布密谋刺杀董卓。吕布是董卓的亲信，又是其义子。

吕布因一件小事违背董卓意图，董卓性格暴烈，拔出手戟就投向吕布，由此吕布心生隔阂。

四月，董卓入朝，由吕布等在前后侍卫。吕布早已让同郡人、骑都尉李肃、勇士秦谊埋伏在北掖门，董卓被李肃刺伤手臂，大喊吕布求救，却被吕布铁茅刺死。

董卓被刺死后，王允录尚书事，吕布晋升为奋威将军，二人共同主持朝政。

王允掌权后，未能维持住关中局势。董卓部将李傕、郭汜张济、樊稠、贾诩等人起兵作乱，攻打京师。

六月初一，长安城沦陷，吕布战败逃走，李傕杀死王允，自封将军。九月，李榷升为车骑将军、开府、领司隶校尉、假节、池阳侯，郭汜为后将军、美阳侯，樊稠为右将军、万年侯，三人控制了东汉政权。

兴平二年(公元195年)，李傕杀樊稠，与郭汜在长安城中各自拥兵相攻。

三月，安西将军杨定与郭汜合谋劫持刘协，事情败露，李傕便先派李暹率兵包围皇宫，接走刘协、贵人伏寿。

李傕的士兵则在宫中烧杀掠夺。刘协派太尉杨彪、司空张喜尚书王隆等十几人前往郭汜营中劝和，反被郭汜扣留。

闰五月，刘协令谒者仆射皇甫郦去劝和李傕、郭汜，郭汜接受昭命，而李傕不依。十一日，刘协拜李傕为大司马。

六月，镇东将军张济到长安劝和，想把刘协暂时安置在弘农。刘协也思念旧京，派人恳请李傕要求东归，往返十余次李郭才同意。

李傕、郭汜和解，许诺以各自儿子做人质，李傕妻子不同意。最后两人各将女儿作为人质，并封为君、食邑。

七月，郭汜、杨定、杨奉、董承护送刘协东归。十月初一，郭汜与党羽夏育、高硕作乱，趁夜烧毁学舍以威逼乘舆，杨奉和杨定率军出战，击败叛军，郭汜败逃南山。

十二月，张济联合李傕、郭汜在弘农东涧与董承、杨奉交战。杨、董兵败，死伤无数，刘协露宿曹阳。

杨、董秘密派人到河东，联合李乐、韩暹、胡才以及南匈奴的右贤王去卑，共同击破李傕等人，刘协才得以前行。

李傕等人又率军而来，杨奉等人大败，死伤更重，董承等人决定渡河，士兵们都想上船，被董承等用长矛拦住，同刘协过河的只有皇后、宋贵人、杨彪以及皇后的父亲伏完，其余宫女和官员都遭到了乱兵的掠夺，死伤不计其数。

建安元年（公元196年）七月，刘协在董承、张杨的护送下回到雒阳。拜张杨为大司马，杨奉为车骑将军，韩暹为大将军，兼司隶校尉，韩暹和董承都留在宫中。

董承为牵制韩暹，密召曹操来雒阳。曹操到后上奏韩暹、张杨之罪，韩暹逃奔杨奉，刘协念其护驾之功而特赦。

刘协拜曹操为司隶校尉、录尚书事，随后曹操以雒阳残破为由，迁都许县(今河南许昌)，曹操封为大将军，进封武平侯。

十一月曹操升任司空、行车骑将军事。从此曹操挟天子以令不臣，总揽朝政。

建安五年(公元200年)，刘协不满曹操大权独揽，不甘心作为傀儡，于是暗下衣带诏，令董贵人的父亲车骑将军董承设法诛杀曹操。

董承遂与左将军刘备、长水校尉种辑、将军吴子兰、王子服等一起密谋，结果事情败露，董承等人都被曹操诛杀。

曹操又带剑入宫，来杀董承之女董贵妃。此时董贵妃有孕在身，刘协求其放过，曹操仍施毒手。

伏皇后从此心生畏惧，便给父