三支远洋舰队和各镇水师的指挥权移交总理海军事务衙门，与陆路提督和镇守总兵相区别。

除了舰队之外，各处的岸防炮台等也都划归海军指挥，在总理海军事务衙门下设海图、参谋、舰船、学校、监察诸司，加强朝廷对于舰队的统一指挥，同时细化大明的海疆防御，将远洋水师、地方镇守水师、缉私水师的职责予以厘清。