在奏疏中称：“夫胜国之君，人必为纪，以其临御一时，犹难泯没，所谓‘国可灭，史不可灭’也。况在本朝，乃使之孙蒙祖号，弟袭兄年，名实相违，传信何据？”如果强行将建文的四年改称洪武，天下悠悠之口，是堵不住的。

但是，成祖奉天靖难，子继父业，千载之定论也，而且在成祖朝所编撰的一系列史料中，将朱允炆称为少主，以元年等纪年，这才是成祖的本意，成祖并非想扭曲历史，是后世的臣子曲解了成祖之意。

所以申时行认为，洪武纪年用到三十一年即可，建文之事附录于太祖朝之后，不恢复建文年号，但是以少主元年、二年、三年、四年纪年，编撰成书。

申时行最后说道：“使详载当时所用之人，所行之事，别为少帝之纪，附录于太祖之后。是是非非，明白无隐，则靖难之兵有名，圣成祖之心益白。”