主要负责对所管辖各都司卫所予以监察，督促他们切实屯垦戍边，同时保障脱产士卒的军事训练，对于他们的军事训练予以考核，对于发现的不称职的卫所军官，行都督府右都督可以直接行文在京师的都督府，予以罢黜或者进行题参。

同时作为动员机构，掌握军余子弟的数量，世袭军官受训考核之后的分配等事务，都要由行都督府负责管理。