每逢战事发生，由皇帝命将为帅，调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝，兵回卫所。

但是实际上现在的五军都督府，各项职权早就被兵部和其他衙门所侵夺了，根本没有实际的权力，朱载坖也不可能再恢复五军都督府这么大的权力。

朱载坖认为部分恢复即可，主要是要保证卫所官军有一定的战斗力，能够有效应对地方可能出现的各种威胁。