出动大量官军去剿灭他们，地方官府仅凭手头的衙役又不能够剿灭他们，所以他们的日子过得很逍遥，但是朱载坖不会让他们这么逍遥下去了。

朱载坖命令出动京营、亲军诸卫和班操京军，对于整个北方的土匪流寇予以全面的肃清，将其中的匪首予以严惩，其余的人充作苦力，用于朝廷的筑路工程。

而南方各省则是出动本镇官军，清剿这些土匪，保障商路的通畅。