日俄战争时期，他服役于乃木希典将军的第三军，在进攻旅顺外围的鸡冠山一役中，炮兵少尉畑俊六被一颗俄国子弹射穿了肺部，从那以后他的身体就越来越消瘦，不知道的还以为他是瘾君子。

与大多数对战争狂热的日本人不同，烟俊六敏锐的洞察到，中国大陆的战争已到了见好就收的时候了，再进一步深入，日本将很危险。

他说道：“我掌握着华中派遣军，可以命令士兵们停止进攻，但其他地区的派遣军（指华北方面军的寺内寿一）和国内的主战派只听从天皇陛下的命令。我曾经派特使向天皇陛下汇报了我对于大陆形势、日本的将来和国际形势的看法，无奈多数大将反对，陛下只好否决了我的提案。”

虽然与其它人对战争的见解不同，但烟俊六还是被认命为华中派遣军总司令，负责指挥这场关系着中日国运的大战。